昆明动物所超算是采用曙光4000A为基础的Linux高性能计算机群,机群由39个曙光620机架服务器（普通计算节点和登录节点）和1个DELL大内存R910服务器（用于基因组拼装的512GB内存胖节点）组成。普通计算节点具有每秒2.75万亿次的峰值速度和1.65亿次Linpack计算值，胖节点具有0.179万亿次峰值速度。曙光6310磁盘阵列通过NFS IO节点挂载到所有计算节点，用于存储备份数据，在线存储采用具有40GB缓存20TB总容量的Panasas 8系列并行存储，通过panfs客户端软件挂载到每个节点，可以支持高吞吐率的并行IO。
系统使用Torque2.4.8和maui3.3作为机群作业调度管理软件，可以支持288个计算核的并行计算作业，胖节点可以处理最大512GB内存需求的数据分析。目前超算用户数达到81人，累计使用机时超过60万计算核小时，完成了106核的并行计算作业，单作业机时超过2万计算核小时
超算已经安装的公用基础软件和部分应用软件清单如下：
部分公用基础软件
MPICH, Openmpi2，Perl 5.12（包含各种模块），Python 2.6.5（包含各种模块）， fftw3.1.2，atlas，lapack,blas, INTEL-COMPLIER, PGI compiler, matlab, confuse, cairo,?? apache, mysql,? imagemagick,? pango, torque,?? maui, fontconfig,?? freetype,? rrdtool, sar2rrd,?? pango,? pixman, pkgconfig, pigz, mpi4py,?? Parallel::MPI(mpi implementation on perl), libpng, libxml, glasgow haskell compiler, f95,?? gfortran,? zlib, java， R(包含各种模块),
部分应用软件
Phyml，RAxML-7.2.5， Mrbayes，Parallel_MrBayes, Qiime, GAPipeline, Illumina_Genome_Analyzer，CASAVA, Mireap_0.2, Muscle, Blast, Mpiblast, Abyss，codeml, overlappr, dnadist, dnastar, namd, charm++, blat, mpiblast, tigcl, muscle, DBD-SQLite-1.31, DBD-mysql-4.018, Data-ShowTable-3.3, DBI-1.616, Math-CDF-0.1, prank, paml44, boost1_46_1, cufflinks1.0.3, clustalw, tophat, myrna-1.0.4， amos-3.0.0，bowtie， hapsembler， SOAPdenovo-V1.05，samtools， velvet_1.1.04， Phrap， GapCloser， idba， bwa-0.5.9， MTR， pysam-0.4.1，?? biopython， bioperl, cd-hit-v4.3, dna_blast, inparanoid, mrbayes, protest, mauve, hmmer， phylip， lastz， Mummer3， Soap2， Velvet， Cap3， T-COFFEE_distribution_Version_8.99
