驯化通常被看作是少数野生个体被人类隔离圈养，经过代代培育而形成家养物种的过程。在这个过程中，由于奠基者效应，可以预期到家养物种的遗传多样性与其野生祖先相比会有所降低，这点已经在大豆、玉米等农作物中被证实，然而我们对家养动物这方面却知之甚少，究其原因，主要是大部分家养动物的野生祖先现在已经灭绝或处于濒危状态，为这方面的工作带来困难。野猪是目前少有的遍布于世界各地的家养动物的野生祖先之一，为我们提供了很好的素材来对驯化进行深入研究。

在张亚平院士的指导下，博士生季吟秋等通过测定来自核基因组11条染色体上的多个区段，并联合前人所发表的线粒体基因组数据，对东亚的家猪和野猪进行分析比较。结果显示家猪的线粒体多样度只有野猪的一半，这种遗传水平的下降与驯化过程中的奠基者效应相吻合；然而出乎意料的是核基因组上的数据显示了与线粒体截然不同的结果，即家猪的遗传多样度并不低于野猪。通过对多项可能影响遗传多样性的因子如DNA重组、基因流、选择作用等进行分析，最终的推断揭示了这种线粒体与核基因组的不一致很可能是被驯化后的雌性家猪与雄性野猪产生了大规模回交后的结果。这项研究不仅仅揭示了猪在驯化后遗传多样性受到的影响，而且还为以后人工选择方面的研究提供了良好的遗传背景。

该研究成果已发表在国际开源刊物《公共科学图书馆·综合》（PLoS ONE）：http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0026416#abstract0。