水稻是人类最早驯化的作物之一。水稻在从野生稻驯化到栽培稻的过程中，在形态和生理上发生了巨大的变化，但这一驯化过程的遗传机制和基因组进化模式尚不清楚。最近，中国科学院昆明动物研究所遗传资源与进化国家重点实验室马普进化基因组学青年科学家小组与深圳华大基因研究院、中国科学院植物研究所、云南农业科学院以及美国伯克利大学和康奈尔大学等的科学家合作，通过深度测序一批代表性亚洲野生稻和栽培稻的基因组，找到了近1500万个单核苷酸多态位点（SNPs），其中650万为高可靠度的SNPs，以及一大批基因组结构变异。根据这些变异信息，他们深度分析了亚洲栽培稻的起源历史，结果支持粳稻和籼稻有独立的起源，而且粳稻很可能驯化于我们长江中下游的多年生野生稻。他们还在两种栽培稻基因组中分别鉴定出了700多个可能受到强烈人工选择的区域，各自包含了1000多个基因。