家鸡是表型多样性最为丰富的鸟类,是研究复杂性状进化的极佳动物模型.

　　藏鸡是一种分布于青藏高原的古老鸡种，经过长期的自然选择和人工选择作用，对青藏高原特殊环境表现出很强的适应性。例如藏鸡血液中红细胞数目显著多于平原鸡，藏鸡的血红蛋白和氧气的结合效率较高。此外其它家鸡品种在高原低氧情况下的孵化率远远低于藏鸡，这也是制约西藏禽业发展的重要因素。但是目前对藏鸡的高原适应性进化的遗传机制研究甚少。在此，张亚平课题组从头组装了一个藏鸡基因组，并对5只红原鸡和其他27只不同地区的家鸡进行了基因组重测序，整合比较基因组学和群体基因组学手段来揭示藏鸡的高原适应性进化的遗传机制。分析结果显示藏鸡分成两个群体，两个群体之间没有基因交流，推断这两枝藏鸡可能分别来自两个独立的世系。随后分别对两枝藏鸡群体进行群体历史模拟和选择信号检测，发现两个群体中受到选择作用的基因在钙离子信号通路中出现富集，说明钙离子通路在藏鸡的高原适应中有着重要的作用。该研究在基因组水平对藏鸡品种资源进行了初步的评估,揭示了藏鸡高原适应的潜在遗传机制, 对藏鸡品种资源的保护和培育均具有理论指导意义.

　　该研究成果在线发表于《Molecular Biology and Evolution》, http://mbe.oxfordjournals.org/content/early/2015/04/03/molbev.msv071.full.pdf+html。博士研究生王明山，李艳博士以及彭旻晟博士为共同第一作者，张亚平院士和吴东东博士为共同通讯作者。该工作得到中国科学院先导专项的支持。