蝴蝶（凤蝶总科的物种统称）因其丰富的形态多样性，自达尔文时代就作为研究物种适应性进化的重要类群之一，近些年更被认为是研究形态遗传、进化和发育的理想模型，已成为发育生物学、进化生物学、种群遗传学、保护生物学和生态学等研究领域的重要模式生物之一。凤蝶科是具有重要进化地位的蝴蝶支系，因其丰富的色彩和形态等多样性更是昆虫生态与进化研究的主题。特别是凤蝶含有一类独特的色素类型，即凤蝶色素，这有助于凤蝶翅膀颜色多样性的形成和各种生物学功能（如躲避捕食者和择偶）的发挥，同时也是探讨动物复杂性状起源和重塑的理想模型。 

　　2015年，研究团队解析了金凤蝶（所有蝴蝶模式种）及其近缘种柑橘凤蝶基因组，并以蝴蝶为例首次实现野生昆虫的基因编辑 (Li et al.,  Nature Communications, 2015, 6: 8212)。在此基础上，为了在蝴蝶系统发育的更大尺度下更好的探讨蝴蝶形态等表型多样性进化的遗传基础，于2017年启动了蝴蝶谱系基因组计划。作为先期研究，利用三代长读长测序技术和Hi-C技术完成了广泛分布在东亚、南亚以及东南亚并对体色进化及物种分化具有重要研究意义的碧凤蝶的染色体水平的基因组（首个利用Hi-C技术与三代长读长测序技术相结合解析的染色体水平的蝴蝶基因组）(Lu et al., GigaScience, 2019, 8(11): giz128)、经典伪装物种枯叶蛱蝶染色体水平的高质量基因组（首个组装了W染色体的蝴蝶参考基因组）(Yang et al., Molecular Ecology Resources, 2021, 20(4): 1080–1092)。近期，研究团队利用三代长读长技术又解析了包括凤蝶科的两个亚科（凤蝶亚科和绢蝶亚科）的所有族的代表种类共11种凤蝶的高质量参考基因组（图1）。结合之前发表的蝴蝶基因组，克服了不完全谱系分选和基因流等挑战，构建了族水平稳定的系统发育树。比较基因组研究结果提示位于模式基因（决定蝴蝶翅膀上不同形态和色素类型鳞片的时空定位）和效应基因（决定鳞片内色素合成）上游调控区的凤蝶科特异的非编码保守元件和转录因子结合位点的进化，以及效应基因的快速进化，可能促进了凤蝶色素的起源与进化（图2）。这些结果不仅为了解颜色多样性的基因组基础尤其是凤蝶色素的起源提供了新见解，而且为探索蝴蝶的进化、生态学和保护提供了重要的数据资源。该项研究也是地球基因组计划的附属项目之一 (Lewin et al., PNAS, 2022, 119(4): e2115635118)。 

　　该研究结果以“ High-quality reference genomes of swallowtail butterflies provide insights into their coloration evolution”为题，于2022年3月31日在Zoological Research在线发表。该成果是在中国科学院昆明动物研究所李学燕副研究员带领的昆虫研究团队潜心专研下取得，李学燕副研究员也是该文的末位通讯作者，王文研究员和陈垒教授为共同通讯作者。中国科学院昆明动物研究所已毕业的研究生（现为西北工业大学博士生）何金武为第一作者，张如、羊洁、常洲、诸立新和陆思含为共同第一作者。北京大学张蔚团队、植物生理生态研究所詹帅团队和滁州学院诸立新团队等合作者参与了本项工作。本研究得到国家自然科学基金项目 (No. 31621062和No. 32070482)、中国科学院“西部之光”项目、云南省科技厅（云南省人才项目No. 202105AC160039）、中国生态环境部生物多样性保护项目等的支持。文章链接：https://www.zoores.ac.cn/article/doi/10.24272/j.issn.2095-8137.2021.303。