1月18日，在北京举行的国家科学技术奖励大会上，1项由我所作为第一完成单位，我所人员作为第一完成人的项目荣获2012年度国家自然科学二等奖。获此殊荣的是我所王文研究团队主持完成的项目“年轻新基因起源和遗传进化的机制研究”。2012年度国家自然科学奖一等奖再次空缺（13年9次空缺）。这也是我所获得的第5项国家科学技术奖。

该项目首次在全基因组水平系统揭示了新基因起源的一般模式和各种分子机制的贡献；首次以实证了基因可以从头起源；开创性地系统研究了基因的基本单元-外显子的起源进化。8篇代表性论著发表在Nature Genetics (1)、Genome Research (2)、Plant Cell (1)、PLoS Genetics (2)、Genetics (1)、Human Molecular Genetics (1)和Trends in Genetics (1)上（总IF 86，被SCI期刊和专著他引236次），被The Scientist、Nature Reviews Genetics、Faculty1000等报道和推荐。本项目的新发现不仅解答了新基因如何起源这个长期悬而未决的生物学难题，而且为当前新遗传特征如家养动植物的新性状起源进化研究提供了坚实、系统的理论基础，具有重要的理论指导和实践意义。这也是我所“一三五”重大突破取得的重要成果之一。