金鱼是一种珍贵而独特的观赏鱼类，由于其颜色五彩缤纷，体形婀娜优美，深受人们的喜爱。以观赏为目的的长期人工选择，使得金鱼的外部形态（眼、背鳍、尾鳍、体型、鳞片等）同其野生鲫鱼相比存在着显著的变异，这在动植物的变异中是相当罕见的，也引起了研究者的关注。

分子进化与进化基因组学研究组的博士研究生王姝妍在张亚平院士、高云和罗静博士的指导下，收集了来自中国（昆明、杭州、北京、长春和兰州）、加拿大、韩国和日本的234条金鱼样品，分别检测了它们的线粒体控制区和细胞色素B序列，通过构建系统发育关系和分析各野生鲫鱼群体和金鱼间的遗传差异，试图揭示金鱼的母系起源，以及最初的驯养地点。结果显示所有的金鱼单倍型均和主要分布于中国南方的野生鲫鱼指名亚种聚在了一枝；通过对分布于中国8个流域野生鲫鱼群体和金鱼间的遗传差异的分析也表明，来自长江下流的野生群体和金鱼群体间拥有有最强的基因流，提示中国南方长江下游地区可能是金鱼最初的起源驯化地，这与金鱼的家养化可能开始于浙江杭州和嘉兴的历史记载基本一致。

对野生群体和金鱼之间、金鱼各品系间遗传多样性水平以及中性检验分析结果显示，金鱼的驯化过程中最初的驯化（草系金鱼）和近代品系（文系和蛋系金鱼）的人工培育两个阶段分别造成了两次明显的瓶颈作用，导致了两次阶梯式的群体遗传多样性的剧烈下降。我们还对中国金鱼4个品系分类形态特征进行了评估，结果显示：相较于以眼睛特征作为分类依据的四分法（草系、蛋系、文系和龙系）和五分法（草系、蛋系、文系、龙系和龙背系），三分法（草系、蛋系和文系）更符合金鱼的进化历史。根据鱼类背鳍的生物学作用，我们推测没有背鳍的蛋系金鱼应该出现在双尾鳍金鱼之后。

该工作于2013年3月19日在线发表于国际刊物PLoS One上。（http://dx.plos.org/10.1371/journal.pone.0059571）