遗传分析系统由遗传研究分系统和遗传操作分系统构成。其中遗传研究分系统在建立灵长类实验动物大规模遗传样本收集与存储平台的基础上，形成完整的灵长类实验动物的遗传信息研究平台，实现灵长类实验动物（个体和群体）基因组学、转录组学、蛋白质组学、表观组学等多种遗传信息的一站式采集和收集。同时，通过生物信息学和系统生物学的综合分析，提炼出其中与表型相关的遗传本质；并结合表型性状，系统解析遗传变异与各种表型性状（包括健康、疾病、衰老等）的关系。遗传操作分系统要建立并形成完整的灵长类实验动物（包括猕猴和食蟹猴等）遗传修饰技术平台，实现高效快速的灵长类实验动物基因编辑，包括外源基因的表达、基因敲除及基因片段替换等遗传修饰。通过在不同层次上比较分析野生型和基因修饰动物的表型差异，确定与重要表型性状相关的关键基因及其对表型展现的调控方式。