家犬（Canis lupus familiaris）作为最早驯化动物之一，在人类社会中扮演着重要角色。对家犬和犬科动物开展研究对遗传学、医学和生态学多领域发展深有裨益。近日，张亚平学科组联合国家生物信息中心赵文明团队发布新一版犬科动物综合数据库iDog2.0（https://ngdc.cncb.ac.cn/idog/），实现了犬科动物多维组学数据整合，为国内外家犬研究学者提供了有力支撑。

iDog2.0中基因组数据较上一版数据集增加了15倍，涵盖了1,929份现代样本和111份古DNA样本，使用最新参考序列UU_Cfam_GSD_1.0（CanFam4）注释到2,955万个SNPs和1,654万个InDels，涵盖了43,487个品种犬特异性SNPs和530个与疾病-表型关联变异位点。平台整合分析了来自2,947个样本的基因表达情况，提供不同犬类品种和组织的基因表达图景和不同犬类疾病的差异基因表达信息，平台还提供了105 057个比格犬海马体细胞的单细胞转录组数据。在表观基因组学层面，iDog 2.0提供了来自547个样本的DNA甲基化信息，和来自87个样本的染色质可及性信息，为分析犬类基因表达调控提供支持。此外，iDog 2.0提供了897个犬类疾病的表型数据、3 207个基因型-表型对以及与犬类疾病关联的349个基因信息，并构建了犬类品种本体（Dog Breed Ontology）和犬类疾病本体（Dog Disease Trait Ontology），以实现品种和疾病标准化。为更好地服务用户，团队还开发了用于群体遗传分析、基因表达分析和富集分析等实用在线工具13种，并构建了基于检索增强生成的问答工具（DogRAG），提供便捷检索和问答入口。

2024年11月11日，该研究成果以“iDog: a multi-omics resource for canids study”为题在线发表于国际知名期刊Nucleic Acids Research，中国科研院昆明动物研究所张亚平学科组柳延虎副研究员、周博闻助理研究员和国家生物信息中心博士研究生王钇博，硕士研究生孙佳尼、孔德冕为共同第一作者，国家生物信息中心唐碧霞高级工程师、赵文明正高级工程师为共同通讯作者。该项工作得到了国家自然科学基金、中科院战略先导专项、科技创新2030重大项目、春城计划以及青促会等项目支持。

文章链接：https://doi.org/10.1093/nar/gkae1031

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