基于动态网络标志物(DNB)建立动物复杂性状临界模型 |
2018-03-09 | 作者: | 来源: 【打印】 |
中科院动物进化与遗传前沿交叉卓越创新中心陈洛南研究组与复旦大学夏景林教授合作,以肝癌肺转移为例,首次成功基于动态网络标志物(DNB)鉴定绘就转移发生前的临界(预警)阶段,并针对其中一个关键基因开展深入功能探讨,即钙离子传导蛋,(calmodulin-like-protein,CALML3)对肝癌肺转移发生的作用与临床价值。该研究利用高转移人肝癌裸鼠模型,采用全基因组转录表达谱芯片测定肝癌肺转移不同阶段的基因变化;利用中科院生化细胞生化所陈洛南研究员原创性的动态网络生物标记物(Dynamic network biomarker, DNB)方法,鉴定到了肝癌肺转移前的临界阶段,并获得具有预测该临界阶段的核心基因组成DNB。随后,对DNB中的一个关键基因, 钙离子传导蛋白(calmodulin-like-protein,CALML3)在肝癌肺转移中的作用及临床预后价值进行了研究,并首次发现了CALML3对肝癌生长和肺转移的抑制作用。 该研究将传统的生物学研究方法与最新的生物信息学技术相结合,其创新性在于:一是临界过程的动态研究:基于动态网络标志物DNB,对肝癌肺转移发生不同阶段,特别是临界阶段的基因变化进行了动态分析研究;二是分子网络的系统研究:研究了DNB的136个发生动态变化的核心基因、并绘就了基因间的相互作用网路图谱。研究发现肝癌肺转移的发生过程中,并非传统认为线性病情渐变过程,而是存在非线性骤变拐点(临界阶段,pre-metastasis,如下图所示),这个阶段在肿瘤种植后的第3周。三是首次报道了CALML3对肝癌生长和肺转移的抑制作用和临床预后价值。 相关研究于2018年2月14日发表在Nature Communications上。该研究成果不仅对于大数据医学,而且对于动物性状的分子网络进化研究都有重要应用意义。文章发表后,在新华社、中新社、人民日报社、光明日报社、青年报新闻、央广网新闻、新加坡联合早报等二十余媒体广泛报道。
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