微生物在维持人体健康中发挥了重要的作用，他们一方面可以调节宿主的免疫反应，另一方面也可以直接帮助人体抵御外来病原体的侵袭。下呼吸道感染是重要的致死病因，已有的研究已经证实下呼吸道中存在定植微生物，然而他们的作用及其与疾病的发生发展之间的关系尚不清楚。 

　　中国科学院北京基因组研究所、动物进化与遗传前沿卓越创新中心成员李明锟研究员与中国医学科学院及北京大学人民医院团队合作对34例正常人和慢性阻塞性肺病（COPD）患者肺泡灌洗液进行了RNA测序分析，系统的研究了肺部微生物活跃组成与宿主细胞转录组、疾病严重程度等20余项临床指标及人口学指标的关联。首次在转录组层面发现了肺部微生物三种不同的组成类型，并且揭示了其与肺部菌量、免疫细胞比例、Th17信号通路之间的关联，同时在COPD患者中发现了微生物组成与疾病发作频率的关联。相关文章发表在美国微生物学会《mSystems》期刊（https://msystems.asm.org/content/3/5/e00199-18），并被选为当期“Editor’Pick”文章。