我所创建于1959年，刚建所时，只有几名党员，参加云南分院的党组织活动。1961年7月，组建了第一个党支部；后因几易所名及文革开始，党组织多次变化。直至1972年3月，经全体党员大会民主选举，才成立昆明动物所第一届党委，党委书记由军代表担任。十年浩劫结束，科研工作逐步恢复后，1979年9月才又组成新的党委领导班子，自此，党组织建设走入了正轨。 

    目前，研究所根据学科布局和机构设置的情况对党支部进行调整，已从初期的1个党支部17名党员，发展为11个党支部，361名党员。

中共中国科学院昆明动物研究所第十一届委员会  

党委书记：施鹏  

党委副书记：王雨华

党委委员：姚永刚　 李心祥  黄加元  孔庆鹏