侯春晖，中国科学院昆明动物研究所研究员、国家海外高层次青年人才计划、中国科学院“率先行动引才计划”入选者。主要从事基因组顺式调控元件、三维基因组结构在基因表达调控中作用机制的研究，通过分析顺式调控元件在发育与进化过程中的功能转变、选择性使用、及调控机制的创新，在分子层面探究发育和进化过程中性状建立和演化的规律。近年来在顺式调控元件的系统分析、三维基因组动态变化，以及基因组高阶构象等方面取得了系列重要进展，近年来以通讯作者在Nature Genetics, Nature Communications, Cell Reports, GPB等国内外知名杂志发表多篇研究论文。

经历

1993年9月至1997年6月在上海复旦大学生命科学学院学习，获理学学士学位；1997年9月至2004年7月在中国科学院上海生物化学与细胞生物学研究所学习，获理学博士学位。2004年11月至2009年11月，在美国国立卫生研究院做访问学者；2009年12月至2013年8月，在美国Emory大学生物系Victor G. Corces （美国科学院院士）实验室做博士后。2013年8月至2022年8月，在南方科技大学生物系任副教授；2022年9月至今，在中国科学院昆明动物研究所/遗传进化和动物模型国家重点实验任研究员。

方向一： 

真核基因组在三维空间的动态组织和结构变化与基因时空特异的表达调控密切相关，通过采用多种技术和分析方法，解析三维基因组空间结构的建立、维持和改变的机制，以及其在基因表达调控中所发挥的作用和方式。

方向二： 

对真核基因组不同类型的顺式调控元件进行大规模功能性鉴定、序列和表观遗传特征分析，解析顺式调控元件的编码规律。结合多物种三维基因组比较分析，探究顺式调控元件组和基因组三维空间结构在进化上协同演变的规律。

方向三：

 表观遗传调控在基因选择性转录和细胞命运决定与分化中起着重要的作用，分析发育调控在高级社交行为能力建立中的基础作用，研究表观遗传变化在早期胚胎发育和细胞命运决定过程中的变化和作用机制。

近5年内发表的代表性论文/专著(不超过5篇)

1． Ying Chen^#, Zhuo-Bin Lin^#,Shao-Kai Wang#, Bo Wu#, Longjian Niu#, Jia-Yong Zhong#, Yi-Meng Sun, Zhenxian Zheng, Xin Bai, Luo-Ran Liu, Wei Xie, Wei Chi, Tiantian Ye*, Ruibang Luo*, Chunhui Hou*, Feng Luo*, Chuan-Le Xiao*. Reconstruction of diploid higher-order human 3D genome interactions from noisy Pore-C data using Dip3D. Nature Structural & Molecular Biology, Mar 2025, https://doi.org/10.1038/s41594-025-01512-w

2． Jiayong Zhong^#, Longjian Niu^#, Zhuobin Lin, Xin Bai, Ying Chen, Feng Luo, Chunhui Hou*, Chuanle Xiao*. High-throughput Pore-C reveals the single-allele topology polymorphism and cell type specificity of 3D genome folding. Nature Communications, Mar 2023, 14(1):1250.

3． Zhaoying Shi^#, Jinsheng Xu^#, Longjian Niu^#, Wei Shen^#, Shuting Yan^#, Yongjun Tan, Edwin Cheung, Kai Huang*, Yonglong Chen*, Li Li*, Chunhui Hou*. Helitron transposons demarcate an evolutionarily distinct and sperm-specific 3D genome structure in Xenopus tropicalis. Cell Reports, Mar 2023, 42(3):112151.

4．  Longjian Niu^#, Wei Shen^#, Zhaoying Shi^#, Yongjun Tan, Na He, Jing Wan, Jialei Sun, Yuedong Zhang, Yingzhang Huang, Wenjing Wang, Chao Fang, Jiashuo Li, Piaopiao Zheng, Edwin Cheung^*, Yonglong Chen^*, Li Li^*, Chunhui Hou^*. Three-dimensional folding dynamics of the Xenopus tropicalis genome. Nature Genetics, 2021 Jul; 53(7), 1075-1087.

5． Mao-Sheng Chen^#, Longjian Niu^#, Mei-Li Zhao, Chuanjia Xu, Bang-Zhen Pan, Qiantang Fu, Yan-Bin Tao, Huiying He, Chunhui Hou*, Zeng-Fu Xu*. De novo genome assembly and Hi-C analysis reveal an association between chromatin architecture alterations and sex differentiation in the woody plant Jatropha curcas. GigaScience, 2020 Feb; 9:1-12.

其他代表性论文/专著(近5年以外时间段，不超过5篇)

1.    Jialei Sun^#, Na He^#, Longjian Niu^#, Yingzhang Huang^#, Wei Shen^#, Yuedong Zhang, Li Li,   Chunhui Hou*. Global Quantitative Mapping of Enhancers in Rice Genome by STARR-seq. Genomics, Proteomics and Bioinformatics, 2019 Apr; 17(2): 140-153.

2.    Li Li^#, Xiaowen Lyu^#, Chunhui Hou^#, Naomi Takenaka, Huy Q. Nguyen, Chin-Tong Ong, Caelin Cubenas-Potts, Ming Hu, Elissa P. Lei, Giovanni Bosco, Zhaohui S. Qin, and Victor G. Corces*. Widespread Rearrangement of 3D Chromatin Organization Underlies Polycomb-mediated Stress-induced Silencing. Molecular Cell, 2015 April 16, 58(2): 216-231. (^#co-first author)

3.    Hou C^#, Li L^#, Qin ZS*, Corces VG*. Gene density, transcription, and insulators contribute to the partition of the Drosophila genome into physical domains. Molecular Cell, 2012 Nov 9; 48(3):471-84. (#co-first author)

4.    Hou, C.H., Dale, R. and Dean, A. Cell type specificity of chromatin organization mediated by CTCF and cohesin. PNAS, 107 (8): 3651-3656, 2010.