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丁昭莉   高级工程师
生物多样性基因组中心学科组
职  务: 副主任
学  历:
电  话: 0871-68123104
传  真:
电子邮件: dingzl@mail.kiz.ac.cn
通讯地址: 昆明市茨坝镇青松路21号,西南生物多样性实验室102室    650223
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  简  历

博士,高级工程师,硕士生导师。现任中国科学院昆明动物研究所生物多样性基因组中心副主任,长期从事高通量基因组分析技术的开发和应用。作为技术负责人,搭建了国内最完善高通量测序平台,能高效的整合各项技术优势和相应数据的分析处理,参与了中科院先导专项项目、中科院重点部署项目、国家自然科学基金重大研究计划、973项目等多个科研任务,并在国内外重点期刊上发表了多篇文章。

学习和工作经历:

2021.01至今,中国科学院昆明动物研究所生物多样性基因组中心,副主任

2019.012020.12 ,中国科学院昆明动物研究所公共技术服务中心,高级工程师

2009.072018.12 ,中国科学院昆明动物研究所公共技术服务中心,工程师

2003.092009.07 ,云南大学生命科学学院进化生物学专业硕博连读研究生

1999.092003.09 ,云南大学生命科学学院生物科学专业本科学生
  研究方向

一、单细胞测序技术的开发。单细胞测序技术是目前最前沿的生物技术之一,目前已建立了一系列单细胞相关前沿技术的开发,包括10X Genomics单细胞技术平台、单细胞ATAC-seqSPLiT-seq技术。可灵活实现数千至十万个单细胞的基因组、转录组、表观组和免疫组等方面的分析。

二、生物多样性检测技术。DNA条形码技术和二代、三代高通量测序技术进行整合,着力开发生物多样性和传染病监测新技术。同时,针对特殊生物样本(包括复杂的环境样本、高度腐败组织、非脊椎动物内含物、博物馆馆藏及各类历史样本等)的DNA提取技术进行开发、优化。

  承担科研项目

1. 云南省重点领域科技计划项目,病原微生物检测监测技术平台,2021/08-2024/07,280万元,主持。

2. 国家重点研发计划,猪高产优质高效性状形成的调控网络及多基因互作机制,2021/12-2026/11,2469万元,参与。

3. 云南省重大科技专项,新冠疫苗响应个体差异的分子机制研究,2021/05-2024/04,1195万元,参与。

4. 中国科学院战略性先导科技专项(A类),泛第三极环境变化与绿色丝绸之路建设,2018/03-2023/02,530 万元,参与。

5. 第二次青藏高原综合科学考察研究,高原动物多样性保护和可持续利用,2019/11-2022/10,150万元,参与。

6. 中国科学院东南亚生物多样性研究中心区域性国际合作基金项目,基于角蟾科生命之树研究东南亚物种多样性格局的形成,2017/10-2019/10,已结题,参与。

7. 农业部转基因生物新品种培育重大专项,动物重要基因克隆与功能验证-基于人工选择作用分析克隆鉴定重要功能基因,2011/07-2015/12,已结题,参与。

8. 国家自然科学基金重大项目,动物DNA条形码标准基因及高通量条形码新方法的研究,2011/01-2014/12,已结题,参与。

  专家类别
  社会任职

 

  获奖及荣誉
  代表论著

#共同一作,*通讯作者)

1.        何雨琦,李桂梅,周鑫,李晓璐,高跃东,丁昭莉* 采用诱导环化酶制备Illumina Mate-paired DNA文库, 基因组学与应用生物学,2019,第38卷,第7 期,第2990-2995

2.        何雨琦,李桂梅,周鑫,丁昭莉*2017,用于Illumina 测序平台不同试剂盒制备RNA-seq文库的方法比较,基因组学与应用生物学,第36 卷,第11 期,第4607-4615

3.        Xunhe Huang#, Guimei Li#, Xing Chen, Yajiang Wu, Weina Li, FushengZhong, Wenzhi Wang, Zhaoli Ding*, Identification of a novel mtDNA lineage B3 in chicken(Gallus gallusdomesticus), Zoological Research, 2017, 38(4): 208-210

4.        Xing Chen#, Gang Ni#, Kai He#, Zhao-Li Ding#, Gui-Mei Li, Adeniyi C. Adeola, Robert W. Murphy, Wen-Zhi Wang*, and Ya-Ping Zhang*Capture Hybridization of Long-Range DNA Fragments for High-Throughput Sequencing, Methods in Molecular Biology20181754:29-44

5.        Jiang Liu#, Zhaoli Ding#, Guimei Li#, Li Tang, Yu Xu, HuayouLuo, Jinhua Yi, Youwang Lu, Rui Mao, Qiong Nan, Li Ren, Tong Zhang and Kunhua Wang, Identification and validation of colorectal neoplasia-specific methylation biomarkers based on CTCF-binding sites, Oncotarget, 2017, 8(69): 114183-114194

6.        Z-L Ding#, M Oskarsson#, A Ardalan, H Angleby, L-G Dahlgren, C Tepeli, E Kirkness, P Savolainen *and Y-P Zhang*. Origins of domestic dog in Southern East Asia is supported by analysis of Y-chromosome DNA. Heredity 2012108:507-514

7.        Chunyan Yang#Kristine BohmannXiaoyang WangWang CaiNathan WalesZhaoli DingShyam Gopalakrishnan Douglas W. Yu*Biodiversity Soup II: A bulk-sample metabarcoding pipeline emphasizing error reductionMethods in Ecology and Evolution, 2021,00:1-13

8.        Hong-Yi Zheng#, Min Xu#, Cui-Xian Yang#, Ren-Rong Tian, Mi Zhang, Jian-Jian Li, Xi-Cheng Wang, Zhao-Li Ding, Gui-Mei Li, Xiao-Lu Li, Yu-Qi He, Xing-Qi Dong*, Yong-Gang Yao* and Yong-Tang Zheng*Longitudinal transcriptome analyses show robust T cell immunity during recovery from COVID-19Signal Transduction and Targeted Therapy2020Dec 24;5(1):294

9.        Nalini Yasoda Hirimuthugoda#, Adeniyi C. Adeola#, Patthamesthrige Wimal Anthony Perera, Xing Chen, Weligalle Wedarallage Dewar Asoka Gunawardena, Humpita Gamaralalage Thilini Nisanka Gunawardana, Tingting Yin, Mingshan Wang, Guimei Li, Zhaoli Ding,Wenzhi Wang, Haibing Xie, Minsheng Peng* and Yaping Zhang*, Sri Lankan pig ancestry revealed by mitochondrial DNA, Y-chromosome, and MC1R, Animal Genetics, 2017, 48, 622–627

10.    Shaojun Liu#*, Jing Luo# , Jing Chai# , Li Ren#, Yi Zhou#, Feng Huang# , Xiaochuan Liu#, Yubao Chen , Chun Zhang , Min Tao , Bin Lu, Wei Zhou , Guoliang Lin , Chao Mai, Shuo Yuan, Jun Wang , Tao Li, Qinbo Qin, HaoFeng, KaikunLuo , Jun Xiao, HuanZhong, Rurong Zhao , Wei Duan , Zhenyan Song, Yanqin Wang, Jing Wang, Li Zhong , Lu Wang, Zhaoli Ding, Zhenglin Du, Xuemei Lu, Yun Gao, Robert W. Murphy, Yun Liu , Axel Meyer*, Ya-Ping Zhang*, Genomic incompatibilities in the diploid and tetraploid offspring of the goldfish × common carp cross, PNAS, 2016, 113(5), 1327-1332

11.    Zhengkui Zhou#, Yu Jiang#, Zheng Wang#, Zhiheng Gou#, Jun Lyu#, Weiyu Li#, Yanjun Yu, LipingShu, Yingjun Zhao, Yanming Ma , Chao Fang , YantingShen , Tengfei Liu, Congcong Li, Qing Li, Mian Wu , Min Wang , Yunshuai Wu, Yang Dong , Wenting Wan, Xiao Wang, Zhaoli Ding, YuedongGao, Hui Xiang, Baoge Zhu, Suk-Ha Lee, Wen Wang*, Zhixi Tian*, resequencing 302 wild and cultivated accessions identifies genes related to domestication and improvement in soybean, Nature Biotechnology, 2015, 33, 408-414

12.    Liang Yan#, Xiao Wang#, Hui Liu , Yang Tian , JinminLian, Ruijuan Yang , ShumeiHao, Xuanjun Wang , Shengchao Yang, Qiye Li, Shuai Qi , Ling Kui , Moses Okpekum, Xiao Ma, Jiajin Zhang , Zhaoli Ding, Guojie Zhang , Wen Wang, Yang Dong*, Jun Sheng*, The Genome of Dendrobiumofficinale Illuminates the Biology of the Important Traditional Chinese Orchid Herb, Molecular Plant, 2015, 8, 922-934

13.  Douglas W. Yu#*, YinqiuJi#, Brent C. Emerson, Xiaoyang Wang , Chengxi Ye, Chunyan Yang, Zhaoli Ding, Biodiversity soup: metabarcoding of arthropods for rapid biodiversity assessment and biomonitoring, Methods in Ecology and Evolution, 2012, 3, 613-623

 

  研究团队

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