吕雪梅，博士，研究员，博士生导师，中国科学院“百人计划”、“西部之光”引进人才，云南省引进高层次人才，云南省兴滇英才支持计划“云岭学者”。中国科学院昆明动物研究所进化生态与多维组学动态学科组负责人，主持中国科学院生物多样性信息化区域中心、国家基因组数据中心生物多样性分中心、云南省西南及跨境生物多样性数据信息重点实验室、昆明动物所进化发育中心工作。在National Science Review、Science Advances、Nature Communications、Molecular Biology and Evolution、PNAS、Genome Research、 Science Bulletin等期刊发表 SCI 论文72篇，获得授权国内和国际专利11项、登记软件著作权10项、参与制定国家及团队科学数据标准4项。主持及承担科技部国家重点研发计划课题及应急专项、中国科学院战略先导专项、国家自然基金委重大研究计划重点和集成项目、第二次青藏高原综合科学考察研究课题、云南省基础研究计划重大项目等。

经历

1994.09 - 1997.07  MA.Sc., Animal genetics and breeding, South Agricultural University, Guangdong, China

1997.09 - 2000.12  Ph.D., Zoology Advisor: Dr. Yaping zhang, Kunming Institute of Zoology, Kunming, China

1997.09 - 2004.07  B.S., Animal Science, South Agricultural University, Guangdong, China

2001.01 - 2001.12  Research Assistant Professor, Key Laboratory of Molecular Genetics and Evolution in Kunming Institute of Zoology, CAS

2002.01 - 2003.01  Research Assistant, The Center for Reproduction of Endangered Species, Zoological Society of San Diego

2003.02 - 2005.06  Post doctor, Department of Ecology and Evolution in the University of Chicago,

2005.07 - 2009.05  Associate Professor, School of Life Science, Sun Yet-Sen University,

2009.06 - 2011.03  Principal Investigator, Platform of genomics and bioinformatics, Beijing Institute of Genomics, CAS

2011.04 - 2019.03  Key Laboratory of Genomic and Precision Medicine, Principal Investigator, Beijing Institute of Genomics, CAS

2019.03 - 至今    Principal Investigator, Kunming Institute of Zoology, CAS

方向一

基因组三维空间调控的进化。旨在解析基因组元件在组学三维空间的相互作用导致的动物进化过程中表型创新和重塑。以空间构象为核心，整合遗传变异和表观遗传元件的调控关系，解析基因组三维空间构象在进化和发育过程中的建立和动态变化，揭示基因组三维空间构象的建立和调控机制及其进化规律，以及如何促进基因调控和其他基因组功能；推动对物种进化和生物发育在底层机制的创新认识和理论突破，并拓展应用于多种生物学过程和疾病研究。

方向二

体细胞的进化与生态学。聚焦于将体细胞作为进化生物学研究的独特模式体系，在实验室中构建持续进化的细胞培养体系，建立进化与生态学相结合的研究新范式，结合群体遗传和种群动力学运用进化生态理论模型，融合数学、生物信息等领域的交叉研究体系，回答细胞在短期应对和长期适应不同环境波动过程中，细胞群体的动态、种群之间的相互作用以及整体适合度的演化规律及其趋势是什么？其中与关键性变化相关的网络构成和特征是什么？在更新和完善相关的传统进化理论的同时，通过干扰群体适合度和稳态体系，为治疗肿瘤提供理论参考，发展肿瘤治疗新方法。

方向三

病毒的进化和动态追踪。探索动物潜在疫源病毒的分布规律以及存在的跨种传播事件，推演其演化过程；面向病原检测的应用，开发并改进第三代病毒组测序分析平台；建立实验进化体系，模拟以新冠病毒为代表的疫源病毒在自然条件下的传播过程，解析其变异特征及进化规律。

1．揭示不同进化驱动力的动态更迭，共同推动肿瘤异质性的积累，通过建立理论模型，预测肿瘤的演化命运（Cancer Res 2019；Mol Biol Evol 2022等）；

2．打破关于有害突变积累的经典“穆勒棘轮”理论局限，阐明肿瘤即使遗传负载高也不灭绝的根源（Mol Biol Evol 2019）；

3．结合群体遗传与生态群体动力学，创新地提出多样性的细胞亚群之间的相互竞争导致广泛适应性，回答肿瘤演化成适合度高的“完美生物”之谜，也为理解生态系中多样性起源和互作开辟了新的视角（Natl Sci Rev 2021）。

4．基于上述理论和分析框架，与病原专家合作，揭示结核杆菌传播和耐药演变进程（Sci Adv 2020）；阐明新冠病毒的进化关系和轨迹，驳斥溯源相关的国际舆情，实时追踪病毒基因组的时空动态演变和流行规律（Sci China Life Sci 2020；Sci Bull 2021；Natl Sci Rev 2020、2022、2023；www.covid19evolution.net）。

5. 北京市科技进步奖二等奖，新冠病毒谱系划分及进化动态分析体系的建立及应用，排名第二，2021年

1.科技部国家重点研发计划项目-应急专项，2020YFC0847000，新冠病毒基因组进化规律与动态演变研究技术体系创建与应用，2020/04-2022/01，项目负责人

2.科技部国家重点研发计划项目，2021YFC2301300，新冠相关病毒与宿主协同进化及跨物种入侵，2021/12-2024/11，课题负责人

3.科技部-第二次青藏高原综合科学考察研究项目，2019QZKK05010405，青藏高原形成与高原关键物种多样性形成，2019/11-2024/10，子课题负责人

4.国家自然科学基金委重大研究计划集成项目，91531305，肿瘤生长、迁移及其进化驱动力的群体基因组学解析，2016/1-2018/12，290万元，项目负责人

5.国家自然科学基金委重大研究计划重点项目，91131903，细胞群体的适应性进化规律和进化关键基因的识别，2012/01-2015/12，350万元，项目负责人

近5年内发表的代表性论文/专著

1. Yongsen Ruan, Haijun Wen, Mei Hou, Weiwei Zhai, Shuhua Xu, Xuemei Lu*. On the epicenter of   COVID-19 and the origin of the pandemic strain. National Science Review, 2022 Dec 19;10(4):nwac286.

2. Guanghao Li#, Zuyu Yang#, Dafei Wu, Sixue Liu, Xuening Li, Tao Li, Yawei Li, Liji Liang, Weilong Zou, Chung-I Wu, Hurng-Yi Wang*, Xuemei Lu*. Evolution under spatially heterogeneous selection in solid tumors. Molecular Biology and Evolution, 2022 Jan 7;39(1):msab335.

3. Tao Li^#, Jialin Liu^#, Jing Feng^#, Zhenzhen Liu, Sixue Liu, Minjie Zhang, Yuezheng Zhang, Yali Hou, Dafei Wu, Chunyan Li, Young-Bin Chen, Hua Chen, Xuemei Lu*. Variation in the life history strategy underlies functional diversity of tumors. National Science Review, 2020 Jun 5;8(2): nwaa124. 

4. Qi Long#, Kai Yan#, Chendong Wang, Yanling Wen, Furong Qi, Hui Wang, Peng Shi, Xingguo Liu, Wai Yee Chan, Xuemei Lu*, Hui Zhao*. Modification of Maternally Defined H3K4me3 Regulates the Inviability of Interspecific Xenopus Hybrids. Science Advances, 2023 Apr 7;9(14):eadd8343.

5. Xiaolu Tang^#, Ruochen Ying^#, Xinmin Yao^#, Guanghao Li, Changcheng Wu, Yiyuli Tang, Zhida Li, Bishan Kuang, Feng Wu, Changsheng Chi, Xiaoman Du, Yi Qin, Shenghan Gao, Songnian Hu, Juncai Ma,Tiangang Liu, Xinghuo Pang, Jianwei Wang, Guoping Zhao, Wenjie Tan*, Yaping Zhang*, Xuemei Lu*, Jian Lu* Evolutionary analysis and lineage designation of SARS-CoV-2 genomes. Science Bulletin, 2021 Nov 30;66(22):2297-2311.

其他代表性论文/专著

1. Yuezheng Zhang^#, Yawei Li^#, Tao Li^#, Xu Shen^#, Tianqi Zhu, Yong Tao, Xueying Li, Di Wang, Qin Ma, Zheng Hu, Jialin Liu, Jue Ruan, Jun Cai, Hurng-Yi Wang*, Xuemei Lu*. Genetic Load and Potential Mutational Meltdown in Cancer Cell Populations. Molecular Biology and Evolution, 2019 Mar 1;36(3):541-552.

2. Sixue Liu^#, Zuyu Yang^#, Guanghao Li^#, Chunyan Li, Yanting Luo, Qiang Gong, Xin Wu, Tao Li, Zhiqian Zhang, Baocai Xing, Xiaolan Xu*, Xuemei Lu*. Multi-omics Analysis of Primary Cell Culture Models Reveals Genetic and Epigenetic Basis of Intratumoral Phenotypic Diversity. Genomics Proteomics Bioinformatics, 2019 Dec;17(6):576-589.

3. Yongsen Ruan, Zhida Luo, Xiaolu Tang, Guanghao Li, Haijun Wen, Xionglei He, Xuemei Lu*, Jian Lu*, Chung-I Wu*. On the founder effect in COVID-19 outbreaks – How many infected travelers may have started them all? National Science Review, 2020 Sep 24;8(1):nwaa246.

4. Ying Xiang, Kai Yan, Qian Zheng, Haiqiang Ke, Jie Cheng, Wenjun Xiong, Xin Shi, Lei Wei, Min Zhao, Fei Yang, Ping Wang, Xing Lu, Li Fu, Xuemei Lu*, Feng Li*. Histone Demethylase KDM4B Promotes DNA Damage by Activating Long Interspersed Nuclear Element-1. Cancer Research, 2019 Jan 1;79(1):86-98.

5. Chunyan Li^#, Yali Hou^#, Jin Xu^#, Aiqun Zhang, Zhenzhen Liu, Furong Qi, Zuyu Yang, Ke Chen, Sixue  Liu, Huanwei Huang, Qianfei Wang, Jiahong Dong, Chung-I Wu, Xuemei Lu*. A Direct Test of Selection in Cell Populations Using the Diversity in Gene Expression within Tumors. Molecular Biology and Evolution, 2017 Jul 1;34(7):1730-1742.