从大量的序列数据中挖掘有用的生物学信息，已成为众多研究领域的必备手段，这就需要我们掌握一些常用的序列处理操作。针对序列的处理，已有一些优秀的工具包供使用，大致可以分为两类：一类是命令行程序，如EMBOSS等，这一类工具的特点是运行速度较快，灵活性很高，可以和其他工具融合形成分析流程和批处理化。然而，这类工具往往需要用户熟悉Unix-like操作系统的使用，甚至要求用户具有编写脚本的能力。另一类是窗口程序，如MEGA、BioEdit等，这一类工具具有友好的用户操作界面，使用起来非常方便，但是它们往往只能对单文件进行操作，且很难和其他程序形成自动化分析流程，导致它们难以应付越来越多的序列文件。基于此，中国科学院昆明动物研究所/两栖爬行类多样性与进化研究组的孙艳波博士于2017年在《Zoological Research》发布了FasParser程序，以实现在友好的界面窗口下对一些常规序列操作，尤其像多基因的串联合并、序列的提取、低质量序列的鉴定等，进行批处理化。 

　　近日，孙艳波博士对FasParser进行了较大幅度的更新，并以“FasParser2: A Graphical Platform for Batch Manipulation of Tremendous Amount of Sequence Data”于生物信息学国际期刊《Bioinformatics》在线发布了新版本（链接地址：https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty126），以满足科研人员对序列操作更高的需求。最新程序（v2.3.0）可在该地址免费下载：https://github.com/Sun-Yanbo/FasParser/releases。 

　　增加的功能主要包括：1)  重新设计的文件上传界面具有更好的批处理效率；2)   增加了有效过滤序列比对质量的模块，尤其适用于大规模检测序列中经历达尔文正选择的位点，以及重建系统发育等分析；3) 增加若干序列过滤的功能，可实现序列中对非同源序列的清除，尤其适用于从一堆数据中抽取感兴趣的序列；4)  增加了蛋白序列的一些操作接口，如利用蛋白序列的比对结果生成DNA的比对结果等；5) 增加了检测正选择（借助于PAML）、PCR引物设计（借助于Primer3）的功能；6) 增加了专门的序列编辑工具（FasParser::Editor），以实现更方便的序列查看和编辑功能；以及7)其他一些附属功能。 

　　该工作得到了国家自然科学基金面上项目、中国科学院战略先导专项（B）、以及中国科学院青年创新促进会的支持。