近期，来自姚永刚课题组的博士范宇利用单分子实时（Single molecular real-time, SMRT）测序技术，结合高通量染色质构象捕获技术（Hi-C技术: high throughput chromosome conformation capture）测序数据，完成了新版的树鼩基因组（KIZ version 2: TS_2.0）高精度测序、组装和注释，最终获得的树鼩基因组大小是2.67Gb。其中，contig N50为3.2 Mb，长度比第一版树鼩基因组（TS_1.0）提高了146倍。对contigs进行聚类与定序后，总共有1728个contigs（~ 2.56Gb，占基因组大小的96.2％）可锚定在31条假染色体（pseudo-chromosome）上，最终得到的Scaffold N50为104Mb，实现了树鼩基因组染色体水平组装。新版树鼩基因组填补了第一版基因组中约73%的拼装缺口（163,220个），其中处于基因编码区的缺口全部得到填补。利用从头（de novo）预测、同源（homolog）预测和转录组数据预测等方法，对新版基因组进行注释共得到23568个基因，其中约88.3%（20811个）的基因添加与更新了功能注释信息。第二版树鼩基因组（KIZ version 2: TS_2.0）中，蛋白编码基因的数量与序列长度较第一版基因组有明显的质量提升，基因结构的精确度也明显上升。基于第二版基因组信息，范宇等人完成了基因组重复序列（Repeat content）的分析，发现120多个长转座子和400多万个包含短重复序列（长度小于150bp）和长重复序列（长度大于5kb）的卫星区域。对LINE1（L1 long interspersed nuclear elements 1）的分析发现，树鼩基因组中的LINE1占基因组的18.54%，这种基因组占比和人类的类似。与包括人类、猕猴和小鼠的基因组结构变异（genomic structural variation）对比分析后发现，相比较于人类，树鼩基因组中含有221个结构变异，猕猴基因组中有188个结构变异，而小鼠基因组中的结构变异多达387个。有趣的是，一些结构变异，如位于MYSM1基因和SLC35D1基因间的区域，只出现在树鼩和灵长类动物中，这一结果也从结构变异的角度说明，相比于小鼠，树鼩与灵长类动物在基因组方面有更高的相似性。

　　通过对6只野生树鼩的全基因组二代技术重测序，获得基因组水平上约1280万个单核苷酸遗传变异信息。这些信息对了解树鼩的进化历史、表型特征和疾病模型创建等提供了基础。基于蛋白编码基因区的单核苷酸变异信息，范宇等人分析了野生树鼩的多项群体遗传学参数，获取了关于树鼩群体全基因组学水平的更多认识。如基于核苷酸多样性（π）的分析发现，树鼩蛋白编码基因区域存在30个核苷酸多样性较高(π > 0.025)的区域，其中约1/6的区域位于主要组织相容性复合体MHC（major histocompatibility complex）或免疫球蛋白（immunoglobulin）基因家族中，该结果间接提示，树鼩免疫基因相对于基因组中其他基因，可能有较高的进化速率，这和树鼩免疫系统基因的特殊性可能具有联系。

　　目前，树鼩已被用于感染性疾病如乙型肝炎、丙型肝炎、疱疹病毒感染、禽流感病毒感染等模型创建，在视觉系统研究、近视模型，以及一些肿瘤模型构建方面，显示了很好的前景。来自中国科学院昆明动物研究所的研究团队，对树鼩开展了长期而深入的研究，先后主导完成了树鼩高质量基因组测定、基于树鼩精原干细胞的转基因技术突破、树鼩特殊遗传特性和生活习性的解析等工作，拓展了人们对于这一新型实验动物的认识。

　　为了更好地展示最新版的树鼩基因组信息，研究人员将新版基因组数据、注释信息、群体遗传学参数、预测的基因共表达网络等数据，增加或更新在第二版树鼩基因组数据库（TreeshrewDB v2.0）中。这些用户友好型的数据库构建与更新，将为树鼩动物模型的研究提供相关基础数据，有望继续惠及树鼩研究领域。

　　上述研究工作以Chromosomal level assembly and population sequencing of the Chinese tree shrew genome为题，发表在Zoological Research上。相信树鼩染色体级别的基因组组装与数据库建设这一研究工作，能为国内成长起来的科技期刊助力发展，这也是落实国家《关于深化改革 培育世界一流科技期刊的意见》文件精神的实际动作。该研究工作得到国家自然科学基金委、中科院和云南省的资助。