中国科学院昆明动物研究所（以下简称昆明动物所）成立于1959年4月，其前身为昆虫研究所紫胶站，1963年改名为中国科学院西南动物研究所，1970年划归云南省后改名为云南省动物研究所，1978年重归中国科学院，恢复原所名。
围绕“一三五”发展规划，昆明动物所确定了立足西南及东南亚丰富的生物多样性资源，突出区域特色、国家战略需求和科学前沿，将研究所建成特色鲜明的国际著名研究机构的战略定位，凝练了“重大疾病灵长类新型动物模型创制与新药研究”、“基因组进化的理论突破”、“家养动物及其野生近缘种基因资源发掘”等三个重点突破方向。
现有研究团队34个；有遗传资源与进化国家重点实验室、中国科学院和云南省动物模型与人类疾病机理重点实验室、中国科学院与云南省共建的“动物生殖生物学重点实验室”和“畜禽分子生物学重点实验室”；中国科学院-德国马普青年科学家小组2个；中国科学院-英国东安格里亚大学生态学与环境保护中心、与香港中文大学联合共建“生物资源与疾病分子机理联合实验室”、非法人研究单元“中国科学院昆明灵长类研究中心”；中国科学院生命条形码南方中心；西南生物多样性实验室；昆明国家生物产业基地实验动物中心；中国科学院昆明生物多样性大型仪器区域中心等联合共建的研究平台；无量山黑冠长臂猿监测站和昭通大山包野生动物野外观测站2个野外台站。
中国科学院与云南省合作共建的“昆明动物博物馆”，馆藏各类动物标本71万余号，是我国热带、亚热带动物种类、数量收藏最多的标本馆；图书馆有中、外文科技藏书3.8万册，中外文科技期刊16万余册。200万以上大型仪器装备总值4000余万元。
截至2014年底，昆明动物所共有在职职工425人。其中科技人员182人、科技支撑人员190人，包括中国科学院院士1人、发展中国家科学院院士1人、研究员及正高级工程技术人员34人、副研究员及高级工程技术人员53人。
共有国家“西部之光”人才入选者91人（新增9人）；国家杰出青年科学基金获得者10人。
昆明动物所是1980年国务院学位委员会批准的博士、硕士学位授予权单位之一，现设有动物学、遗传学、细胞生物学、神经生物学等4个专业二级学科博士研究生培养点，动物学、遗传学、细胞生物学、神经生物学、生物化学与分子生物学、生物工程等6个专业二级学科硕士研究生培养点，并设有生物学等1个专业一级学科博士后流动站，共有在学研究生331人（其中硕士生166人、博士生165人）、在站博士后27人。
2014年，昆明动物所共有在研项目455项（包括新增项目106项）。其中，主持国家重点基础研究发展计划（973）项目2项、主持课题11项（新增1项），国家高技术研究发展计划（863）课题1项，国家科技基础性工作专项3项；参与国家重大科技专项课题9项，主持国家自然科学基金创新群体1项，重大项目1项，重点项目5项，NSFC-云南省联合基金重点项目6项（新增1项），优秀实验室项目1项，重大研究计划8项（新增1项），国际合作与交流项目5项（新增1项），国家杰出青年科学基金项目4项，国家优秀青年科学基金项目3项，面上项目65项（新增10项），青年项目37项（新增12项）；主持中国科学院战略性先导科技专项1项（新增1项）、项目3项（新增2项）、课题11项（新增8项），院前沿科学重大突破择优支持3项（新增3项，其中项目1项，课题2项），院重点部署项目5项（新增2项），院科技服务网络计划（STS计划）1项（新增1项），院长基金特别支持项目1项（新增1项），院科普项目3项（新增2项），院地合作项目1项（新增1项），仪器设备功能开发技术创新项目1项，院信息化专项1项（新增1项）。
2014年，昆明动物所“一三五”进展取得实效。在“重大疾病灵长类新型动物模型创制与新药研究”方向，抗抑郁I类新天然药物奥生乐赛特胶囊I期临床已结束，并在人体药代学试验和药物耐受递增剂量试验进展良好。HIV-1感染北平顶猴模型、帕金森氏病(PD)和老年痴呆症（AD）猕猴模型、乳腺癌树鼩模型进展良好；成功引繁建立了实验动物北平顶猴的实验种群；树鼩实验动物化取得进展，并利于其基础生物学资料开展全面的收集和研究，《树鼩基础生物学与疾病模型》专著正式出版，较全面地介绍了树鼩基础生物学和疾病模型研究相关领域的最新进展与发展趋势，其中许多研究成果属于首次报道。在“基因组进化的理论突破”方向，“基因组多样性与亚洲人群的演化”成果荣获2014年度国家自然科学二等奖，项目以基因组多样性的分布格局及形成机制为视角，以亚洲人群为对象，紧紧围绕“亚洲人群源流历史和演化”这一核心目标，取得一系列重要研究成果：证明亚洲人群源自“走出非洲”后沿亚洲海岸线的快速迁移扩散事件，证实东亚人群起源于非洲且无当地直立人的母系遗传贡献，揭示早期人群迁移及文化扩散是亚洲民族人群形成的重要原因，并诠释人群对新环境适应的遗传学机制，该项目以第一单位发表高影响SCI论文20篇，被Nature、Science等国际著名SCI刊物正面他引602次，国际影响广泛。在“家养动物及其野生近缘种基因资源发掘”方向，继2012年昆明动物所、深圳华大基因研究院等单位合作完成了首个山羊全基因组图谱之后，双方合作又公布了绵羊基因组序列，并且将这一基因组与其它哺乳动物基因组进行了比对，构建了相关的系统发育树，该研究发表在Science杂志上。
2014年，发表论文319篇，其中SCI论文246篇，影响因子大于9的24篇，影响因子5至9的37篇。“基因组多样性与亚洲人群的演化”获国家自然二等奖1项；“Leber遗传性视神经病遗传易感分析”获云南省自然科学二等奖1项，“中国群体慢性气道疾病的遗传机理和药物反应研究与应用”获省科技进步奖三等奖1项。申请专利21项，获授权24项；出版专著2部。
2014年，昆明动物所共有45批54人次前往20个国家和地区进行交流合作。接待国外来访学者52批103人次。新获我院国际人才交流项目4项，3名留学生获中国科学院——发展中国家科学院院长奖学金。新争取国际合作项目8项，主办了3个国际研讨会并承办了“第七届中德前沿科学研讨会”。在“国际两栖爬行类生命条形码计划（Cold Code）”、院“中非中心”以及推进东南亚合作等方面取得良好进展。
昆明动物所是云南省动物学会、云南省昆虫学会、云南省细胞与生物学会、云南省免疫学会的挂靠单位，负责编辑出版动物学核心刊物《动物学研究》，该刊物入选“2014中国国际影响力学术期刊”和“2014中国精品科技期刊”。
