动物进化与遗传前沿交叉卓越创新中心

张勇

张勇， 1979年8月出生，博士，研究员。2001年毕业于北京大学生物化学和分子生物学专业，获理学学士。2007 – 2009年在美国芝加哥大学生态学与进化系做博士后研究。2006年7月– 2007年5月任北京大学生命科学系学院研究人员。2011年11月年至今任中国科学院动物研究所研究员。正在主持中国科学院先导B研究专项课题，国家自然科学基金常规面上基金项目、科技部973计划课题等项目。担任《 Journal of Systematics and Evolution 》和《遗传》（北京）编委。2013年获国家自然科学基金委优秀青年基金项目。

主要研究方向及内容

新基因如何起源和进化是进化生物学的核心问题之一。早在1970年，Susumu Ohno详细论述了基因复制（又称基因重复或倍增）对于进化的重要意义。进入新世纪以来，基因组学的蓬勃发展给新基因研究带来了革命性的机遇。研究方向：张勇研究员长期从事研究，涉及新基因起源的机制、进化模式、功能和方法论等重要方面。研究内容：张勇研究员自2007年起从事新基因起源和进化的研究，通过开发新的方法论突破了新基因研究的瓶颈；课题组开发GenTree数据库（http://gentree.ioz.ac.cn）对新基因进行系统性重注释，从而显著提高了支撑新基因研究数据的可靠性和可操作性。基于这些方法创新，课题组近五年以果蝇、人等为主要研究体系，发现了与L1等此前广为人知的机制不同，长末端重复（LTR）逆转座子介导的复制过程可塑造有新功能的嵌合新基因；与进化发育学派（Evo Devo）力主的表型进化主要由老基因的调控序列进化来推动的理论不同，部分新基因可参与发育乃至促进癌症进程。

代表性论文

Ma FQ, Lin P, Chen QJ, Lu Xuemei,Zhang YE*, Wu CI*.Direct measurement of pervasive weak repression by microRNAs and their role at the network level. 2018.BMC Genomics,19:362 .

Yu DQ^(#), Shi WW^(#)(*),Zhang YE^(*).2017. Underrepresentation of active histone modification marks in evolutionarily young genes.Insect Science.24(2):174-186.

Tan SJ^(#)，Cardoso-Moreira M，Shi WW，Zhang D，Huang JW，Mao YN，Jia HX，Zhang YQ，Chen CY，Shao Y，Leng L，Liu ZH，Huang H，Long MY，Zhang YE^(*). 2016. LTR-mediated retroposition as a mechanism of RNA-based duplication in metazoans.Genome Research, 26:1663-1675.

Zhu ZL^(#)(*)，Tan SJ^(#)，Zhang YQ，Zhang YE^(*). 2016. LINE-1-like retrotransposons contribute to RNA-based gene duplication in dicots.Scientific Reports, 6: 24755-24755.

Yang HW^(#)，He BZ^(#), Ma HJ, Tsaur S-C, Ma CY, Wu Y ,Ting C-T,Zhang YE^(*). 2015. Expression Profile and Gene Age Jointly Shaped the Genome-Wide Distribution of Premature Termination Codons in a Drosophila melanogaster Population.Molecular Biology and Evolutio,32(1): 216-228 .

Zhang YE^(#)(*),Long MY^(*). 2014. New genes contribute to genetic and phenotypic novelties in human evolution.Current Opinion in Genetics & Development, 29: 90-96 .

Xie C^(#),Zhang YE^(#), Chen JY^(#), Liu CJ, Zhou WZ, Li Y, Zhang M, Zhang RL, Wei LP^(*)，Li CY^(*). 2012. Hominoid-Specific De Novo Protein-Coding Genes Originating from Long Non-Coding RNAs. PLOS Genetics, 8(9): e1002942 .

Zhang YE^(#), Landback P, Vibranovski MD, Long MY^(*). 2012. New genes expressed in human brains: Implications for annotating evolving genomes.BioEssays,34(11): 982-991 .

Ni X,Zhang YE, Negre N, Chen S, Long M, White KP^(*).2012. Adaptive evolution and the birth of CTCF binding sites in the Drosophila genome.PLOS Genetics,10(11): e1001420.

Zhang YE^(#)(*), Vibranovski MD, Krinsky BH, Long MY^(*). 2011. A cautionary note for retrocopy identification: DNA-based duplication of intron-containing genes significantly contributes to the origination of single exon genes.Bioinformatics, 27(13):1749-1753 .

Zhang YE^(#),Landback P，Vibranovski MD, Long MY^(*). 2011. Accelerated recruitment of new brain development genes into the human genome.PLoS Biology,9（10）:e1001179 .

Zhang YE^(#),Vibranovski MD, Landback P, Marais GAB，Long MY^(*). 2010. Chromosomal Redistribution of Male-Biased Genes in Mammalian Evolution with Two Bursts of Gene Gain on the X Chromosome，PLoS Biology, 8(10):e1000494 .

Zhang YE^(#),Vibranovski MD, Krinsky BH，Long MY^(*). 2010. Age-dependent chromosomal distribution of male-biased genes in Drosophila.Genome Research,20(11)：1526-1533 .

Chen S,Zhang YE, Long M. 2010. New genes in Drosophila quickly become essential.Science,330:1682-1685 .

Zhang Y, Liu XS, Liu QR and Wei LP. (2006) Genome-wide in silico identification and analysis of cis natural antisense transcripts (cis-NATs) in ten species.Nucleic Acids Research, 34, 3465-3475.