为了更好地适应云南省社会发展的需要，进一步服务并促进云南地方经济腾飞，实现“科教兴滇”可持续发展战略，云南省和中国科学院于1999年4月12日正式成立共建重点实验室——云南省动物生殖生物学重点实验室。重点实验室以生殖发育生物学为主要方向，胚胎工程生物技术为基础，根据云南省畜牧业目前的实际情况和现代化发展的需要，结合昆明动物研究所在知识创新工程中的研究任务和方向，以加强动物生殖、发育生物学的研究，加大开发和推广应用生物技术的力度为主要工作内容；积极推进应用生物技术的力度，尽快使云南省的优良品种牛、羊群形成规模，为产业化奠定基础，为云南社会发展和经济建设作贡献。

重点实验室成立十余年来，在基础研究方面，开展了动物卵母细胞的体外成熟调控机理研究；体细胞核移植过程中的细胞核程序重编程研究；胚胎干细胞和成体干细胞的建系；体外诱导胚胎干细胞系定向分化为神经干细胞；胚胎干细胞系的无血清培养系统研究；从冷冻模式，防冻液组成及作用机理等方面对猕猴、食蟹猴等多种灵长类动物精子超低温冻存研究等。

重点实验室先后主持承担了7个国家（和省部级）的重大或重点研究课题，3个国家自然科学基金课题和3个云南省自然科学基金课题。例如，国家973重大项目“农业动物遗传育种与克隆的分子生物学基础研究”中第二子课题“哺乳类动物体细胞克隆中核质互作及发育全能性的研究”；国家973重大项目“恒河猴胚胎干细胞自我更新机制研究” ；中国科学院重点基金课题“野生动物及家畜野生近缘种种质资源的保护” ；国家863重大项目“灵长类动物模型与安全的研究” ；云南省重点项目“提高肉牛胚胎移植中受体牛妊娠率和产犊率研究”和“几种疾病动物模型的建立和干细胞治疗研究平台建设”等。

重点实验室成立以来，共接纳德国、美国、匈亚利、法国等国和国内云南大学、兰州大学等高校的客座人员89人次。联合培养博士6名，硕士20名。这些联合培养的硕士、博士有的已经成为单位的骨干，正为云南省乃至我国动物生殖生物学研究以及国民经济的发展贡献力量。通过上述工作，重点实验室培养了一支从事生殖发育生物学的队伍，在生物科学和生物技术研究领域得到国内、外同行的认可，在本领域高水平的杂志，如 “Stem Cell”, “Biology of Reproduction”,“Cryobiology”，“Reproduction”等发表论文38篇。