| 获奖年度 | 获奖名称 | 主要完成人 | 获奖类别 | 获奖等级 |
| 2004 | 国家重点基础研究发展计划(973计划)先进个人奖 | 张亚平 | 国家重点基础研究发展计划(973计划)先进个人奖 | |
| 2004 | 哺乳动物早期胚胎体外发育影响因素的研究 | 周红林 季维智 苏莹 张秀珍 刘慧谨 马兰 杜玲 | 云南省科技成果奖(科技进步类) | 3 |
| 2004 | 国家重点基础研究发展计划(973计划)先进个人 | 徐林 | 国家重点基础研究发展计划(973计划)先进个人奖 | |
| 2004 | 烙铁头属蛇毒结构与功能研究 | 熊郁良 王婉瑜 张云 吕秋敏 金扬 陈润强 魏勤 周兴丁 贾永红 | 云南省科技成果奖（自然科学类) | 2 |
| 2004 | Ｂ２肾上腺素受体遗传多态性与哮喘关系研究 | 张亚平 姚永刚 | 云南省科技成果奖(科技进步类) | 3 |
| 2004 | “何梁何利”科学与进步奖 | 张亚平 | 国际奖 | |
| 2004 | 生物科学创新奖 | 张亚平 | 国际奖 | |
| 2003 | 鱇白鱼的人工增殖技术和种群恢复研究 | 杨君兴 张培清 陈银瑞 夏黎亮 李再云 董仲瑜 黄明华 李乔贵 张正华 | 云南省科技成果奖(科技进步类) | 3 |
| 2003 | 云南汉族系统性红斑狼疮与补体C4 C2基因相关性研究 | 张亚平 姚永刚 罗怀蓉 | 云南省科技成果奖(科技进步类) | 3 |
| 2003 | 卷烟烟气安全性评价的生物学方法研究及国内外名优卷烟烟气安全性比较研究 | 刘爱华 贺维顺 | 云南省科技成果奖(科技进步类) | 3 |
| 2003 | 核糖体失活蛋白抗艾滋病病毒活性及构效关系的研究 | 郑永唐 贲昆龙 王建华 | 云南省科技成果奖（自然科学类) | 2 |
| 2003 | 人和动物球虫生物学研究 | 张亚平 | 云南省科技成果奖(科技进步类) | 2 |
| 2002 | 蛇毒蛋白酶结构与功能及其对血液凝固系统的作用 | 张云 李文辉 高荣 熊郁良 王婉瑜 | 云南省科技成果奖 | 1 |
| 2002 | 生物多样性领导奖 | 张亚平 | 国际奖 | |
| 2002 | DNA多态性与东亚人群的起源及迁徙 | 宿兵(3) | 国家教育部科技进步奖 | 1 |
| 2002 | 卷烟烟气安全性评价的生物学方法研究及国内外名优卷烟烟气安全性的比较研究 | 刘爱华 (2) 贺维顺 (4) | 云南省烟草公司科技进步奖 | 2 |
| 2002 | 中甸叶须鱼的有效保护及合理利用研究 | 陈自明 | 云南省科学技术奖(科技进步类) | 3 |
| 2001 | 蛇毒替代戒毒、镇痛及抗老年痴呆药物 | 熊郁良、王婉瑜、刘念昆、宋建新、张云、毛建斌、马原野 | 中国专利优秀奖 | 优秀奖 |
| 2001 | 滇金丝猴生物学特性的研究 | 邹如金 宿兵 王应祥 季维智 张亚平 白寿昌 马世来 潘汝亮 赵其昆 彭燕章 叶智彰 王文 侯意谛 邹淑荃 佴文惠 刘爱华 蒋学龙 兰宏 | 云南省科技成果奖（自然科学类) | 1 |
| 2001 | 恒河猴工作记忆的儿茶酚胺受体机制研究 | 蔡景霞 马原野 徐林 胡新天 | 云南省科技成果奖（自然科学类) | 1 |
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