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中国科学院昆明动物研究所
姚永刚团队揭示HCV感染树鼩肝脏细胞免疫激活、代谢变化与炎症发生的动态应答特征
近期，姚永刚团队及合作者在国际知名期刊eBioMedicine发表题为“Single-cell atlas of hepatitis C virus inoculated tree shrew liver reveals immune activation, metabolic reprogramming, and persistent inflammation”的研究论文。该研究系统揭示了丙型肝炎病毒（hepatitis C virus, HCV）感染树鼩肝脏在单细胞层面的动态应答特征，为...    
昆明动物所张超团队Adv Sci综述：转录组学中的人工智能革命——从单细胞到空间图谱
中国科学院昆明动物研究所张超团队近期在 Advanced Science 上系统综述了人工智能在单细胞和空间转录组中的最新进展，将现有方法按设计理念与适用场景分为三大类：任务特定模型（Task-specific models）、基础模型（Foundation Models）和 AI 智能体（AI Agents）。文章按典型数据处理流程展开，讨论了三类方法在不同任务中的优势、局限以及...    
单细胞注释工具DeepCellSeek：基于大语言模型的系统评估与实现
单细胞转录组数据分析中，细胞类型精准注释一直是瓶颈，传统工具在亚型识别上表现有限。大语言模型（LLM）为这一难题提供了新思路，但缺乏系统基准与标准化流程。为此，张超课题组构建了大规模基准测试，并配套发布开源工具DeepCellSeek。    
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